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Run: SRR6045485
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Run ID: SRR6045485

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:00:11

Number of reads: 2046542

Percentage reads mapped: 87.21

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.21
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.13
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474917 n.1260G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474918 n.1261T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475081 n.1424C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475596 n.1939G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475610 n.1953G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475651 n.1994C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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