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Run: ERR163970

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Run ID: ERR163970

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:51:11

Number of reads: 1945058

Percentage reads mapped: 80.93

Strain: lineage4.6.1.2

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 0.97
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 0.97
lineage4.6.1.2 Euro-American T2 RD724 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764810 p.Pro481Thr missense_variant 0.9
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.98
embR 1416410 p.Leu313Arg missense_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
fabG1 1674076 p.Thr213Pro missense_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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embA 4245055 p.Thr608Asn missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407932 p.Leu91Val missense_variant 1.0