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Run: ERR2515854
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Run ID: ERR2515854

Sample name:

Date: 31-03-2023 21:09:28

Number of reads: 541580

Percentage reads mapped: 72.41

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490599 c.-184C>G upstream_gene_variant 0.15
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761624 p.Gln606His missense_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304073 c.1143C>T synonymous_variant 0.11
fbiC 1304083 p.Gly385Ser missense_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167978 p.Phe879Leu missense_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987047 p.Val70Ala missense_variant 0.12
Rv2752c 3064552 p.Arg547His missense_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087883 p.Val355Glu missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474923 p.Asp306Gly missense_variant 0.12
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embC 4240600 c.738G>T synonymous_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4243703 c.471C>T synonymous_variant 0.14
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethR 4327847 c.300delG frameshift_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0