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Run: ERR4815572
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Run ID: ERR4815572

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Date: 01-04-2023 13:56:30

Number of reads: 500496

Percentage reads mapped: 42.24

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760430 c.624T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761534 c.1728G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761557 p.Ala584Gly missense_variant 0.12
rpoB 761570 c.1764T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761579 c.1773G>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761600 c.1794T>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761612 c.1806G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761633 c.1827G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761642 c.1836G>C synonymous_variant 0.29
rpoB 761643 p.Val613Ile missense_variant 0.29
rpoB 761648 c.1842T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 761649 p.Ser615Pro missense_variant 0.29
rpoB 761654 p.Glu616Asp missense_variant 0.22
rpoB 762016 p.Glu737Ala missense_variant 0.11
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.14
rpoC 762842 c.-528G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.2
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.2
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.47
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.37
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.38
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.41
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.25
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.17
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.2
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.17
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764755 p.Asp462Glu missense_variant 0.14
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764760 p.Asn464Ser missense_variant 0.14
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764767 c.1398G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764776 c.1407C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764785 c.1416C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777877 p.Arg202Ser missense_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.18
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.17
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.18
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.2
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.2
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.18
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.2
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.2
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.2
rplC 800693 c.-116A>G upstream_gene_variant 0.38
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474201 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474413 n.757_776delCCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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