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Run: ERR4815709
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Run ID: ERR4815709

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:01:15

Number of reads: 1754716

Percentage reads mapped: 89.1

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8762 c.1461G>A synonymous_variant 0.13
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.19
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.22
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.22
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762257 c.2451C>A synonymous_variant 0.22
rpoB 762284 c.2478G>T synonymous_variant 0.16
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.14
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.21
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.2
rpoC 763726 c.357C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.19
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.16
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472916 n.1071A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474773 n.1116C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476534 n.2878_2879delGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rpsA 1834288 c.747C>A synonymous_variant 0.17
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.18
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.17
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.17
rpsA 1834315 c.774C>T synonymous_variant 0.18
rpsA 1834333 c.792C>T synonymous_variant 0.17
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.97
katG 2155737 c.375C>A synonymous_variant 0.13
katG 2155821 c.291C>T synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474029 p.Ile8Thr missense_variant 0.1
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0