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Run: SRR124451
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Run ID: SRR124451

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:49:17

Number of reads: 411649

Percentage reads mapped: 19.05

Strain:

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
kasA 2518310 p.Asp66Asn missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7698 c.397C>A synonymous_variant 0.29
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9811 p.Gly837Val missense_variant 0.33
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
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rpoB 761718 p.Ala638Ser missense_variant 0.5
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rpoC 766272 p.Cys968Phe missense_variant 0.22
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
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rpsA 1833554 p.Thr5Pro missense_variant 0.22
rpsA 1833611 p.Ala24Ser missense_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1918073 p.Ala45Asp missense_variant 0.5
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155098 c.1014C>T synonymous_variant 0.4
katG 2156211 c.-100G>T upstream_gene_variant 0.18
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PPE35 2168699 c.1914C>A synonymous_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518818 p.Asp235Ala missense_variant 0.22
eis 2715005 p.Asp110Tyr missense_variant 0.33
folC 2747590 c.9G>T synonymous_variant 0.29
folC 2747608 c.-10C>A upstream_gene_variant 0.25
ribD 2986701 c.-138G>A upstream_gene_variant 0.25
Rv2752c 3065806 p.Arg129His missense_variant 0.18
thyX 3067853 c.93C>T synonymous_variant 0.33
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878397 c.111G>T synonymous_variant 0.4
clpC1 4039025 c.1680C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039511 c.1194G>A synonymous_variant 0.2
clpC1 4039514 c.1191C>T synonymous_variant 0.2
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clpC1 4039549 p.Ala386Ser missense_variant 0.25
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clpC1 4040901 c.-197C>A upstream_gene_variant 0.33
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embC 4242099 p.Gly746Asp missense_variant 0.25
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4248902 p.Thr797Pro missense_variant 1.0
ubiA 4269138 p.Cys232* stop_gained 0.29
ethA 4327410 p.His22Tyr missense_variant 0.4
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0