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Run: SRR18912069
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Run ID: SRR18912069

Sample name:

Date: 03-04-2023 20:48:41

Number of reads: 2247962

Percentage reads mapped: 96.25

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490780 c.-3C>T upstream_gene_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472057 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474153 n.496C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474166 n.509G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474289 n.633_644delTTTTCCTCTCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474305 n.648G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474414 n.757C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474450 n.793T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474679 n.1022G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474708 n.1052dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474711 n.1054_1055insA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474740 n.1083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289128 c.114G>C synonymous_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.99
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0