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Run: SRR19303876
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Run ID: SRR19303876

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:10:58

Number of reads: 6176060

Percentage reads mapped: 88.88

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339393 c.276G>A synonymous_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.44
whiB7 3568428 c.252A>G synonymous_variant 0.2
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.35
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338710 c.-189A>T upstream_gene_variant 1.0