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Run: SRR4033203
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Run ID: SRR4033203

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:54:30

Number of reads: 2279075

Percentage reads mapped: 65.04

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7158 c.1931_1933delCCG disruptive_inframe_deletion 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.12
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.12
mmpR5 778376 c.-614G>T upstream_gene_variant 0.13
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472097 n.252T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472117 n.272A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472900 n.1055G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473909 n.252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
katG 2154612 c.1500G>A synonymous_variant 0.12
kasA 2518196 p.Asp28Asn missense_variant 0.16
Rv3236c 3612816 p.Ala101Thr missense_variant 0.12
Rv3236c 3613224 c.-108C>T upstream_gene_variant 0.12
embB 4246576 c.63G>A synonymous_variant 0.15
ethR 4326610 c.-939G>A upstream_gene_variant 0.11