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Run: SRR6046177
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Run ID: SRR6046177

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:12:40

Number of reads: 2899685

Percentage reads mapped: 89.23

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472669 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475516 n.1859T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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