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Run: SRR6981981
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Run ID: SRR6981981

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:23:40

Number of reads: 319362

Percentage reads mapped: 76.77

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
ethA 4326600 c.873delG frameshift_variant 0.13 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490634 c.-149A>T upstream_gene_variant 0.14
fgd1 490639 c.-144C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoB 762186 p.Asp794Tyr missense_variant 0.11
rpoC 762383 c.-987C>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 779675 c.-770G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407110 c.231G>T synonymous_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
fabG1 1673277 c.-163_-162insT upstream_gene_variant 1.0
fabG1 1673343 c.-96delC upstream_gene_variant 0.12
rpsA 1834160 p.Gln207* stop_gained 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167653 p.Pro987Gln missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
kasA 2519162 p.Val350Ile missense_variant 0.17
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pepQ 2859514 p.Ile302Thr missense_variant 0.18
ribD 2987533 p.Gly232Ala missense_variant 1.0
thyX 3068144 c.-199T>C upstream_gene_variant 0.11
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086924 c.105C>T synonymous_variant 0.13
Rv3083 3449301 c.798G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640529 c.-14T>C upstream_gene_variant 0.17
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4240885 p.Ser341Arg missense_variant 0.18
embC 4242146 p.Asn762Asp missense_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244171 p.Gln313His missense_variant 0.22
embB 4247209 c.696A>G synonymous_variant 1.0
embB 4248715 c.2202C>A synonymous_variant 0.25
ubiA 4269034 p.Asp267Gly missense_variant 0.17
aftB 4269060 c.-224G>A upstream_gene_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408030 p.Leu58His missense_variant 0.22
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0