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Run: SRR7131182
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Run ID: SRR7131182

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:48:12

Number of reads: 2709786

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766155 p.Ala929Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987450 p.Glu204Asp missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038170 c.2535G>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.22
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0