Run ID: ERR11465829
Sample name:
Date: 10-01-2024 04:26:45
Number of reads: 1635650
Percentage reads mapped: 99.62
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575761 | c.414C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759814 | p.Asp3Gly | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763495 | c.126G>A | synonymous_variant | 0.19 |
rpoC | 763504 | c.135C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763507 | c.138G>C | synonymous_variant | 0.12 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781502 | c.-58G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781793 | c.234G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpsL | 781796 | p.Met79Ile | missense_variant | 0.16 |
rpsL | 781802 | c.243G>C | synonymous_variant | 0.17 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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