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Run: ERR161170
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Run ID: ERR161170

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:48:31

Number of reads: 1205902

Percentage reads mapped: 42.89

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.98
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.99
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 0.95
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.96
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.96
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.12
rpoC 764461 p.Glu364Asp missense_variant 0.13
rpoC 764464 c.1095C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764471 p.Asn368Gln missense_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472708 n.863T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1674952 p.Pro251Ala missense_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102540 p.Ala168Gly missense_variant 0.29
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 0.86
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.21
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.96
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.94
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.87
fprA 3474609 c.603T>G synonymous_variant 0.17
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.38
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 0.91
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.39
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.98