Run ID: ERR2124090
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:52:08
Number of reads: 4898646
Percentage reads mapped: 98.79
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 0.98 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 0.98 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761139 | p.His445Asp | missense_variant | 0.98 | rifampicin |
rrs | 1472359 | n.514A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | streptomycin |
katG | 2155276 | p.Gly279Asp | missense_variant | 0.98 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.97 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 0.98 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 0.98 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 0.95 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 0.99 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 0.98 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472135 | n.290C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472138 | n.293C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472147 | n.302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
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rrs | 1472153 | n.308G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 0.98 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 0.99 |
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whiB6 | 4338501 | c.21A>G | synonymous_variant | 0.97 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 0.98 |
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