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Run: ERR405190
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Run ID: ERR405190

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Date: 01-04-2023 04:28:56

Number of reads: 16620

Percentage reads mapped: 0.31

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762872 p.Met1022Ile missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 1.0
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 1.0
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762998 c.-372G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoC 763013 c.-357C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 1.0
rpoC 764443 p.Ile358Met missense_variant 1.0
rpoC 764446 p.Asp359Glu missense_variant 1.0
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764450 p.Gly361Arg missense_variant 1.0
rpoC 764461 p.Glu364Asp missense_variant 1.0
rpoC 764468 p.Val367Ile missense_variant 1.0
rpoC 764471 p.Asn368Arg missense_variant 1.0
rpoC 764479 c.1110G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764641 c.1272C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764660 p.Val431Thr missense_variant 1.0
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764668 c.1299C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764672 p.Gln435Glu missense_variant 1.0
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764687 p.Gln440Glu missense_variant 1.0
rpoC 764705 p.Leu446Lys missense_variant 1.0
rrs 1471876 n.31G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471877 n.32A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471892 n.47G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471893 n.48T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471917 n.72G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471918 n.74_78delAAGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471935 n.92_96delCTCGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471948 n.103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472382 n.537G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472390 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472715 n.870C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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