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Run: ERR473298
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Run ID: ERR473298

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:36:38

Number of reads: 2082103

Percentage reads mapped: 64.55

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471772 n.-74G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472256 n.411T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474482 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474494 n.837C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474495 n.838G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474503 n.846G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474508 n.851C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474587 n.930G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
inhA 1673393 c.-809G>C upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.97
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.34
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.13
ddn 3987011 c.168C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.14
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.15
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.2
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0