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Run: ERR4820829
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Run ID: ERR4820829

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:54:22

Number of reads: 3054758

Percentage reads mapped: 84.28

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460883 c.-162G>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472516 n.671C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473158 n.1313T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474766 n.1109A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474785 n.1128T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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