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Run: ERR5311086
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Run ID: ERR5311086

Sample name:

Date: 01-04-2023 22:30:35

Number of reads: 131277

Percentage reads mapped: 4.96

Strain: lineage4.9;La1.8.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1.8 M.bovis None None 0.14
La1.8.1 M.bovis None None 0.07
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.89
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.88
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
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rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918284 c.345C>T synonymous_variant 0.5
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155056 c.1056A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
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Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
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