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Run: ERR987757
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Run ID: ERR987757

Sample name:

Date: 02-04-2023 13:23:23

Number of reads: 2076317

Percentage reads mapped: 43.33

Strain: lineage4.6.1.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 1.0
lineage4.6.1.2 Euro-American T2 RD724 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761100 p.Gln432Lys missense_variant 1.0 rifampicin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
pncA 2288832 p.His137Arg missense_variant 1.0 pyrazinamide
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9276 c.1975C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764810 p.Pro481Thr missense_variant 1.0
rpoC 766767 p.His1133Pro missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303391 p.Arg154His missense_variant 1.0
embR 1416410 p.Leu313Arg missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1833503 c.-39G>A upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155541 p.Trp191Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065920 p.Pro91Leu missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245055 p.Thr608Asn missense_variant 1.0
ethA 4327107 p.His123Tyr missense_variant 1.0
ethR 4328171 p.Val208Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0