Run ID: ERR987757
Sample name:
Date: 02-04-2023 13:23:23
Number of reads: 2076317
Percentage reads mapped: 43.33
Strain: lineage4.6.1.2
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.1 | Euro-American (Uganda) | T2 | RD724 | 1.0 |
lineage4.6.1.2 | Euro-American | T2 | RD724 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761100 | p.Gln432Lys | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
pncA | 2288832 | p.His137Arg | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
gid | 4408100 | c.102delG | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7539 | p.Thr80Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9276 | c.1975C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764810 | p.Pro481Thr | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 766767 | p.His1133Pro | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303391 | p.Arg154His | missense_variant | 1.0 |
embR | 1416410 | p.Leu313Arg | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472412 | n.567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472518 | n.673G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1473172 | n.1327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrl | 1474202 | n.545T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474228 | n.571T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474236 | n.579G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474253 | n.596A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474797 | n.1140_1141insTATA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1474800 | n.1144_1147delGTGC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1475144 | n.1487G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475154 | n.1497C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475163 | n.1506T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1475871 | n.2214T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476195 | n.2538C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476196 | n.2539C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476204 | n.2547C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476210 | n.2553G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476211 | n.2554G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476212 | n.2555T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476214 | n.2557G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476215 | n.2558C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476573 | n.2916A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476596 | n.2939C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476601 | n.2944G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476607 | n.2950C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476621 | n.2964C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476624 | n.2967T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476638 | n.2981C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rpsA | 1833503 | c.-39G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155541 | p.Trp191Gly | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065920 | p.Pro91Leu | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4245055 | p.Thr608Asn | missense_variant | 1.0 |
ethA | 4327107 | p.His123Tyr | missense_variant | 1.0 |
ethR | 4328171 | p.Val208Ala | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |