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Run: SRR1168955
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Run ID: SRR1168955

Sample name:

Date: 03-04-2023 02:33:05

Number of reads: 216803

Percentage reads mapped: 6.65

Strain: lineage4.9;lineage4.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.79
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 0.07
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575511 p.Ser55* stop_gained 0.5
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.29
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.29
rpoB 762888 p.His1028Asn missense_variant 0.69
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.69
rpoB 762911 p.Ile1035Met missense_variant 0.65
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.65
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.65
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.65
rpoB 762930 p.Pro1042Ser missense_variant 0.65
rpoC 762936 c.-434_-432delTCGinsAGC upstream_gene_variant 0.65
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.69
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.69
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
rpoC 764935 c.1566T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764948 c.1579T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764953 c.1584G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764958 p.Glu530Ala missense_variant 0.5
rpoC 764964 p.Phe532Tyr missense_variant 0.5
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 0.5
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
atpE 1461003 c.-42A>T upstream_gene_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474712 n.1055G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475596 n.1939G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
fabG1 1673261 c.-179C>T upstream_gene_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156289 c.-179delC upstream_gene_variant 0.33
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714565 c.768G>C synonymous_variant 1.0
thyX 3067603 c.343C>A synonymous_variant 0.5
thyA 3074029 p.Ala148Val missense_variant 0.25
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642184 p.Val217Ala missense_variant 0.25
rpoA 3878520 c.-13A>G upstream_gene_variant 0.4
ddn 3987042 p.Leu67Val missense_variant 0.25
clpC1 4040000 p.His235Ala missense_variant 0.56
clpC1 4040006 p.Ile233Met missense_variant 0.5
clpC1 4040010 p.Ala232Arg missense_variant 0.5
clpC1 4040015 c.690G>A synonymous_variant 0.45
clpC1 4040021 c.684A>G synonymous_variant 0.5
clpC1 4040032 p.Val225Ile missense_variant 0.56
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.56
clpC1 4040045 c.660C>G synonymous_variant 0.5
clpC1 4040051 c.654C>T synonymous_variant 0.5
clpC1 4040057 c.648C>T synonymous_variant 0.45
clpC1 4040066 c.639G>A synonymous_variant 0.45
clpC1 4040069 c.636G>C synonymous_variant 0.42
panD 4044141 c.141C>G synonymous_variant 0.29
embA 4243222 c.-11C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243363 p.Phe44Tyr missense_variant 0.29
embA 4243636 p.Gly135Val missense_variant 0.5
embB 4248884 p.Asn791Asp missense_variant 0.4
aftB 4266977 c.1860G>A synonymous_variant 0.25
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0