Run ID: SRR1168955
Sample name:
Date: 03-04-2023 02:33:05
Number of reads: 216803
Percentage reads mapped: 6.65
Strain: lineage4.9;lineage4.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.79 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 0.07 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781822 | p.Lys88Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
eis | 2715344 | c.-12C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | kanamycin |
embB | 4247402 | p.Ser297Ala | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575511 | p.Ser55* | stop_gained | 0.5 |
ccsA | 619969 | p.Val27Ile | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762878 | p.Ile1024Met | missense_variant | 0.29 |
rpoB | 762879 | p.Met1025Leu | missense_variant | 0.29 |
rpoB | 762888 | p.His1028Asn | missense_variant | 0.69 |
rpoC | 762899 | c.-471G>C | upstream_gene_variant | 0.69 |
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rpoC | 762920 | c.-450C>T | upstream_gene_variant | 0.65 |
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rpoB | 762930 | p.Pro1042Ser | missense_variant | 0.65 |
rpoC | 762936 | c.-434_-432delTCGinsAGC | upstream_gene_variant | 0.65 |
rpoB | 762939 | p.Met1045Leu | missense_variant | 0.69 |
rpoB | 762942 | p.Ile1046Val | missense_variant | 0.69 |
rpoC | 762965 | c.-405T>C | upstream_gene_variant | 0.75 |
rpoC | 762983 | c.-387C>T | upstream_gene_variant | 0.67 |
rpoC | 762989 | c.-381G>T | upstream_gene_variant | 0.5 |
rpoC | 764817 | p.Val483Gly | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764935 | c.1566T>C | synonymous_variant | 0.33 |
rpoC | 764948 | c.1579T>C | synonymous_variant | 0.5 |
rpoC | 764953 | c.1584G>C | synonymous_variant | 0.5 |
rpoC | 764958 | p.Glu530Ala | missense_variant | 0.5 |
rpoC | 764964 | p.Phe532Tyr | missense_variant | 0.5 |
rpoC | 764968 | c.1599T>C | synonymous_variant | 0.5 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
atpE | 1461003 | c.-42A>T | upstream_gene_variant | 0.33 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
fabG1 | 1673261 | c.-179C>T | upstream_gene_variant | 0.5 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156289 | c.-179delC | upstream_gene_variant | 0.33 |
PPE35 | 2169879 | p.Phe245Cys | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714565 | c.768G>C | synonymous_variant | 1.0 |
thyX | 3067603 | c.343C>A | synonymous_variant | 0.5 |
thyA | 3074029 | p.Ala148Val | missense_variant | 0.25 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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clpC1 | 4040045 | c.660C>G | synonymous_variant | 0.5 |
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clpC1 | 4040066 | c.639G>A | synonymous_variant | 0.45 |
clpC1 | 4040069 | c.636G>C | synonymous_variant | 0.42 |
panD | 4044141 | c.141C>G | synonymous_variant | 0.29 |
embA | 4243222 | c.-11C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243363 | p.Phe44Tyr | missense_variant | 0.29 |
embA | 4243636 | p.Gly135Val | missense_variant | 0.5 |
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ethA | 4326632 | p.His281Pro | missense_variant | 1.0 |
ethA | 4328376 | c.-903G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |