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Run: SRR16058249
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Run ID: SRR16058249

Sample name:

Date: 03-04-2023 15:36:56

Number of reads: 1764944

Percentage reads mapped: 92.65

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575748 p.Ala134Val missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 0.99
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0