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Run: SRR6044784
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Run ID: SRR6044784

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:47:40

Number of reads: 610279

Percentage reads mapped: 83.85

Strain: lineage3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.15 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155166 c.945delC frameshift_variant 0.11 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491767 p.Ala329Pro missense_variant 0.17
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761030 c.1224G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.14
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.14
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.13
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.14
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762827 c.-543G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762831 c.-539_-538delAGinsTC upstream_gene_variant 0.14
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.12
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.11
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 0.1
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763273 c.3470delG frameshift_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777867 p.Gln205Leu missense_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305030 c.2100G>T synonymous_variant 0.12
embR 1416426 c.919_921delGCG conservative_inframe_deletion 0.17
embR 1416436 c.911_912insGTGGGT disruptive_inframe_insertion 0.18
embR 1416440 c.902_907delACCCAC disruptive_inframe_deletion 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475187 n.1530C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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