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Run: SRR6045138
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Run ID: SRR6045138

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:53:19

Number of reads: 1461611

Percentage reads mapped: 58.06

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8414 c.1113C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762484 p.Leu893Gln missense_variant 0.15
rpoB 762620 c.2816delA frameshift_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472683 n.838T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1473519 n.-139T>C upstream_gene_variant 0.11
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473926 n.269G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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