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Run: SRR6045705
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Run ID: SRR6045705

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:03:40

Number of reads: 2606311

Percentage reads mapped: 82.51

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9222 p.Asp641His missense_variant 1.0
ccsA 620483 p.Val198Ala missense_variant 1.0
rpoB 761843 c.2037C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763867 c.498C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475756 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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