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Run: SRR6824603
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Run ID: SRR6824603

Sample name:

Date: 04-04-2023 16:49:38

Number of reads: 6297313

Percentage reads mapped: 71.22

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 766447 c.3078T>C synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472986 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
inhA 1674090 c.-112C>T upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065256 p.Met312Ile missense_variant 1.0
Rv2752c 3066099 p.Met31Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246508 c.-6G>A upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268928 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269375 c.-539G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0