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Run: SRR6982168
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Run ID: SRR6982168

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:29:28

Number of reads: 501306

Percentage reads mapped: 67.66

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.97
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7984 p.Phe228Ser missense_variant 0.11
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575537 p.Asp64Tyr missense_variant 0.14
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.12
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 0.89
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471674 n.-172G>T upstream_gene_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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