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Run: SRR7131196
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Run ID: SRR7131196

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:48:54

Number of reads: 3797379

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302908 c.-23G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064875 c.1317C>G synonymous_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474119 p.Met38Thr missense_variant 1.0
fbiA 3641477 p.Asp312Gly missense_variant 1.0
embC 4242153 p.Gly764Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.65
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0