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Run: ERR1144989

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Run ID: ERR1144989

Sample name:

Date: 31-03-2023 12:10:14

Number of reads: 5882247

Percentage reads mapped: 28.16

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6815 p.Lys526Gln missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472418 n.573T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473090 n.1245G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.21
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethR 4326904 c.-645G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408101 c.102G>C synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0