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Run: ERR2179850

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Run ID: ERR2179850

Sample name:

Date: 15-08-2022 11:55:21

Number of reads: 1509834

Percentage reads mapped: 70.05

Strain: lineage4

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5365 c.126A>G synonymous_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 8013 p.Gln238Lys missense_variant 0.13
gyrA 9167 c.1866C>T synonymous_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620619 c.729G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800958 c.150G>A synonymous_variant 0.21
Rv1258c 1406736 p.Thr202Ile missense_variant 0.13
embR 1417356 c.-9G>A upstream_gene_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475122 n.1465C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475181 n.1524A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102024 p.Ala340Val missense_variant 0.13
katG 2154048 p.Lys688Asn missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289524 c.-283C>T upstream_gene_variant 0.12
pncA 2289720 c.-479C>T upstream_gene_variant 0.14
ald 3087348 p.Gly177Ser missense_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878127 c.381G>A synonymous_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
clpC1 4038448 p.Asp753Asn missense_variant 0.12
embC 4240969 p.His369Gln missense_variant 1.0
embC 4241692 c.1830C>G synonymous_variant 0.11
embC 4242239 p.Asp793His missense_variant 0.13
embC 4242491 p.Arg877Trp missense_variant 0.15
aftB 4268248 c.589C>T synonymous_variant 0.13
ubiA 4269104 p.Ser244Gly missense_variant 0.11
ethA 4327310 p.Ser55Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408399 c.-197C>T upstream_gene_variant 0.92