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Run: ERR323057

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Run ID: ERR323057

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:49:15

Number of reads: 27447

Percentage reads mapped: 0.58

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761196 p.Leu464Phe missense_variant 1.0
rpoB 761204 c.1398C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761207 c.1401C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761220 p.Ser472Thr missense_variant 1.0
rpoB 761234 c.1428G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761235 p.Met477Val missense_variant 1.0
rpoB 761252 c.1446C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761255 c.1449T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761258 c.1452G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761261 c.1455G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761264 c.1458C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762881 p.Met1025Ile missense_variant 1.0
rpoB 762888 p.His1028Asn missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762911 p.Ile1035Met missense_variant 1.0
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762930 p.Pro1042Ser missense_variant 1.0
rpoC 762936 c.-434_-432delTCGinsAGC upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 1.0
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 1.0
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763025 c.-345C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764902 c.1533C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764911 c.1542A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764912 p.Met515Val missense_variant 1.0
rpoC 764918 p.Val517Ile missense_variant 1.0
rpoC 764932 c.1563C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764935 c.1566T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764948 c.1579T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764953 c.1584G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764958 p.Glu530Ala missense_variant 1.0
rpoC 764964 p.Phe532Tyr missense_variant 1.0
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472842 n.997G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473353 n.1508C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473358 n.1513G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473359 n.1514G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0