TB-Profiler result

Run: ERR4769517
Summary

Run ID: ERR4769517

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:43:29

Number of reads: 1324811

Percentage reads mapped: 37.7

Strain: La1.3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.3 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 0.97
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491386 p.Leu202Ile missense_variant 0.22
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.12
rpoB 762122 p.Asp772Glu missense_variant 0.15
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762146 p.Glu780Asp missense_variant 0.13
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763711 c.342G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.12
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.16
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764617 c.1248C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764646 p.Gly426Ala missense_variant 0.15
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764705 p.Leu446Ala missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472494 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472839 n.994C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472972 n.1127T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475882 n.2225C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476371 n.2714A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
clpC1 4040000 p.His235Lys missense_variant 0.14
clpC1 4040003 c.702G>C synonymous_variant 0.14
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4040024 c.681A>G synonymous_variant 0.14
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.14
clpC1 4040063 c.642G>C synonymous_variant 0.15
clpC1 4040066 c.639G>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4040087 c.618G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040090 c.615T>C synonymous_variant 0.14
clpC1 4040093 c.612C>G synonymous_variant 0.11
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241384 p.Pro508Thr missense_variant 0.97
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4249640 c.3127T>C synonymous_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0