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Run: ERR4814911
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Run ID: ERR4814911

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:33:38

Number of reads: 1654361

Percentage reads mapped: 80.78

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6540 p.Asp434Val missense_variant 0.15
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491616 p.Glu278Asp missense_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.12
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781676 c.117C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474405 n.749delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474753 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475079 n.1422T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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