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Run: ERR4819622
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Run ID: ERR4819622

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:12:59

Number of reads: 2464223

Percentage reads mapped: 83.1

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473158 n.1313T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473695 n.39_40delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473700 n.43G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473702 n.45_46insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473707 n.50T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473717 n.60G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473723 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474766 n.1109A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474785 n.1128T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475328 n.1671G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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