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Run: ERR502523
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Run ID: ERR502523

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:57:00

Number of reads: 4047643

Percentage reads mapped: 89.71

Strain: lineage6.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.3 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.3.1 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472042 n.197T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472045 n.200T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475088 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
inhA 1674434 p.Val78Ala missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102694 p.Val117Ile missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2222852 p.Ala105Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3064671 c.1521C>T synonymous_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.21
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3449781 c.1278G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3877696 p.Thr271Ile missense_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.18
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241843 p.Leu661Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244379 p.Pro383Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4268477 c.360C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269522 c.-686C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326465 p.Ile337Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0