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Run: ERR5311088
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Run ID: ERR5311088

Sample name:

Date: 01-04-2023 22:30:43

Number of reads: 1136010

Percentage reads mapped: 34.44

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7975 p.Gly225Asp missense_variant 0.29
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 0.92
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476595 n.2938C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0