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Run: ERR7821131
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Run ID: ERR7821131

Sample name:

Date: 02-04-2023 06:21:40

Number of reads: 2873220

Percentage reads mapped: 60.63

Strain: lineage4.4.1.1.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
lineage4.4.1.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289142 p.Tyr34Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.22
rpoC 766487 p.Pro1040Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986827 c.-12G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064993 p.Trp400* stop_gained 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339287 p.Arg57Leu missense_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
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