Run ID: ERR7821131
Sample name:
Date: 02-04-2023 06:21:40
Number of reads: 2873220
Percentage reads mapped: 60.63
Strain: lineage4.4.1.1.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2289142 | p.Tyr34Asp | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.98 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.22 |
rpoC | 766487 | p.Pro1040Ser | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472518 | n.673G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472677 | n.832C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472678 | n.833T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472679 | n.834_835insAC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472684 | n.841_846delGATCCG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472697 | n.852T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472700 | n.855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472705 | n.860G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472779 | n.934G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472786 | n.941C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472954 | n.1109T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472970 | n.1125C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472975 | n.1130T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472977 | n.1132G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472992 | n.1147A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473070 | n.1225G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473089 | n.1244A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473093 | n.1248C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473161 | n.1316A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473179 | n.1334C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473851 | n.194G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473862 | n.205C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1473870 | n.213G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473871 | n.214T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473876 | n.219G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473888 | n.231T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1473899 | n.242A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1473905 | n.248T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1473926 | n.269G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474780 | n.1123C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1474920 | n.1263G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1474927 | n.1271delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1474931 | n.1274G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1474938 | n.1281G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475320 | n.1663T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475672 | n.2015C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475673 | n.2016T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1475747 | n.2090A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1475843 | n.2186G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475849 | n.2192G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475853 | n.2196C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476297 | n.2640C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169840 | p.Gly258Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ribD | 2986827 | c.-12G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3064993 | p.Trp400* | stop_gained | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339287 | p.Arg57Leu | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448608 | c.105G>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ubiA | 4269308 | p.Phe176Leu | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |