Run ID: SRR11349135
Sample name:
Date: 02-04-2023 20:52:20
Number of reads: 4143239
Percentage reads mapped: 61.09
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7570 | p.Ala90Val | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761110 | p.Asp435Gly | missense_variant | 0.97 | rifampicin |
rpoB | 761161 | p.Leu452Pro | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 | streptomycin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrl | 1476471 | n.2814G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | linezolid |
fabG1 | 1673432 | c.-8T>A | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288785 | c.456dupC | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide, pyrazinamide |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4327484 | c.-11A>G | upstream_gene_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.29 |
mshA | 576482 | p.Val379Leu | missense_variant | 0.14 |
rpoB | 760645 | p.Pro280Leu | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 763123 | p.Ile1106Thr | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472289 | n.444T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472290 | n.445C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472315 | n.470T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472680 | n.835C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472687 | n.842_843insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472975 | n.1130T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474249 | n.592G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474269 | n.612C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474454 | n.797G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474466 | n.809G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474496 | n.839C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474497 | n.840G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474507 | n.850G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474674 | n.1018delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474677 | n.1020A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474709 | n.1052G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474722 | n.1065T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474730 | n.1073A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474734 | n.1077G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474749 | n.1092C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474780 | n.1123C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474801 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474802 | n.1145T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474831 | n.1174A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474832 | n.1175A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474901 | n.1244A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475545 | n.1888T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475550 | n.1893A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475552 | n.1895G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475574 | n.1917C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475751 | n.2094C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475752 | n.2095C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1475776 | n.2119G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475777 | n.2120A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475883 | n.2226A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1475896 | n.2239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1475906 | n.2249C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475975 | n.2318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476056 | n.2399G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476195 | n.2538C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476196 | n.2539C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476204 | n.2547C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476210 | n.2553G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476211 | n.2554G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476212 | n.2555T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476214 | n.2557G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476215 | n.2558C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476227 | n.2570C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170065 | p.Ala183Gly | missense_variant | 0.22 |
Rv1979c | 2223051 | p.Glu38Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065824 | p.Pro123Leu | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.2 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
ddn | 3987227 | c.384G>A | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.16 |
embB | 4247028 | p.Leu172Arg | missense_variant | 0.17 |
ubiA | 4269271 | p.Val188Ala | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408042 | p.Val54Ala | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |
gid | 4407912 | c.160_290del | frameshift_variant | 1.0 |