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Run: SRR11349135
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Run ID: SRR11349135

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:52:20

Number of reads: 4143239

Percentage reads mapped: 61.09

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761110 p.Asp435Gly missense_variant 0.97 rifampicin
rpoB 761161 p.Leu452Pro missense_variant 0.99 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrl 1476471 n.2814G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 linezolid
fabG1 1673432 c.-8T>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288785 c.456dupC frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327484 c.-11A>G upstream_gene_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.29
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.14
rpoB 760645 p.Pro280Leu missense_variant 1.0
rpoB 763123 p.Ile1106Thr missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474730 n.1073A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.22
Rv1979c 2223051 p.Glu38Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.2
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
ddn 3987227 c.384G>A synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.16
embB 4247028 p.Leu172Arg missense_variant 0.17
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