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Run: SRR2101628
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Run ID: SRR2101628

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:49:38

Number of reads: 705858

Percentage reads mapped: 94.44

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491221 c.440delG frameshift_variant 0.11
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.23
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461109 p.Ile22Thr missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472826 n.981G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476213 n.2556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476595 n.2938C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2153929 p.Trp728Leu missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0