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Run: SRR2101643
Summary

Run ID: SRR2101643

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:50:15

Number of reads: 669270

Percentage reads mapped: 93.64

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576542 p.Ala399Thr missense_variant 0.12
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762009 c.2204_2205delTG frameshift_variant 0.12
rpoB 762850 c.3047delC frameshift_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766837 c.3468G>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775843 p.Val880Met missense_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303029 c.99C>G synonymous_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472826 n.981G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473128 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473165 n.1320C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102148 p.Arg299Trp missense_variant 0.12
ndh 2102860 c.183G>A synonymous_variant 0.11
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859807 c.612C>T synonymous_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339626 p.His170Pro missense_variant 0.1
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embC 4242264 p.Glu801Gly missense_variant 0.13
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aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.89
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gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0