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Run: SRR6044873
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Run ID: SRR6044873

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:48:52

Number of reads: 1076689

Percentage reads mapped: 37.55

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.99
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576412 c.1065C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764326 c.957G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.95
mmpL5 775631 c.2850G>A synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.2
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
fbiC 1304136 c.1206C>G synonymous_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472504 n.659A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474293 n.637_652delCCTCTCCGGAGGAGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474330 n.673A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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