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Run: SRR6044993
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Run ID: SRR6044993

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:50:56

Number of reads: 967370

Percentage reads mapped: 42.48

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6719 p.Asp494Tyr missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491014 p.Thr78Pro missense_variant 0.29
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.26
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304093 p.Met388Lys missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472186 n.341C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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