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Run: SRR6045124
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Run ID: SRR6045124

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:53:01

Number of reads: 12674

Percentage reads mapped: 0.62

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763052 c.-318G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763058 c.-312C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 1.0
rpoC 763079 c.-291C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763082 c.-288C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763085 c.-285C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763118 p.Glu1104Asp missense_variant 1.0
rpoB 763130 p.Glu1108Asp missense_variant 1.0
rpoC 763136 c.-234C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763142 c.-228C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763157 c.-213G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472027 n.183_189delACGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472037 n.192_193insCTTTAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473000 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473010 n.1165C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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