Run ID: SRR7646056
Sample name:
Date: 04-04-2023 20:05:06
Number of reads: 1967209
Percentage reads mapped: 23.27
Strain: lineage4.2.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
lineage4.2.1.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gid | 4407713 | c.489delA | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777451 | p.Val344Leu | missense_variant | 1.0 |
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rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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