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Run: SRR7646056
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Run ID: SRR7646056

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:05:06

Number of reads: 1967209

Percentage reads mapped: 23.27

Strain: lineage4.2.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
lineage4.2.1.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4407713 c.489delA frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777451 p.Val344Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472129 n.284G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472266 n.421C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472267 n.422G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474573 n.916C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475522 n.1865A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475528 n.1871T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475534 n.1877G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475553 n.1896G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476411 n.2754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917780 c.-160C>A upstream_gene_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3877485 c.1023C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408213 c.-11C>T upstream_gene_variant 1.0