Run ID: ERR1873557
Sample name:
Date: 24-01-2024 13:08:00
Number of reads: NA
Percentage reads mapped: NA
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7582 | p.Asp94Ala | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
inhA | 1674782 | p.Ile194Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethR | 4327831 | p.Ala95Thr | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762286 | p.Arg827His | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763555 | c.186C>T | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 778979 | c.-74G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 0.97 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472333 | n.488G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
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rrs | 1472373 | n.528G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
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pncA | 2288686 | c.-327_555del | start_lost&conservative_inframe_deletion | 1.0 |