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Run: ERR405191
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Run ID: ERR405191

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Date: 01-04-2023 04:28:56

Number of reads: 14747

Percentage reads mapped: 0.27

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762872 p.Met1022Ile missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 1.0
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 1.0
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762998 c.-372G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoC 763013 c.-357C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764338 c.969G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764344 c.975C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764348 p.Met327Leu missense_variant 1.0
rpoC 764355 p.Gln329Pro missense_variant 1.0
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764371 c.1002G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764383 c.1014C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764387 c.1018T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764401 c.1032C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 1.0
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764641 c.1272C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764660 p.Val431Thr missense_variant 0.67
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 764668 c.1299C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764672 p.Gln435Glu missense_variant 0.67
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 764687 p.Gln440Glu missense_variant 0.67
rpoC 764705 p.Leu446Lys missense_variant 0.75
rrs 1471876 n.31G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471877 n.32A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471892 n.47G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471893 n.48T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471917 n.72G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471918 n.74_78delAAGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471935 n.92_96delCTCGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471948 n.103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472326 n.481T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472350 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472390 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472715 n.870C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472824 n.979T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472911 n.1066T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472918 n.1073A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472955 n.1110C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472956 n.1111T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473134 n.1289T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473163 n.1318C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473177 n.1332G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473193 n.1348G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473204 n.1359C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474838 n.1181C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474893 n.1236G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474899 n.1242T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475490 n.1833C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475553 n.1896G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475571 n.1914A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475575 n.1918C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475577 n.1920C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475589 n.1932G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475790 n.2133C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476238 n.2581T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476266 n.2609G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476279 n.2622G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476281 n.2624T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476339 n.2682G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476356 n.2699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0