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Run: ERR4132460
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Run ID: ERR4132460

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:31:10

Number of reads: 839465

Percentage reads mapped: 96.13

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.98 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764556 p.Asn396Ile missense_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764817 p.Val483Ala missense_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.93
mmpL5 776026 p.Ser819Thr missense_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.95
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.92
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472309 n.464C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472310 n.465T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474353 n.696A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474355 n.698A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474356 n.699T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476267 n.2610G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476276 n.2619C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
fabG1 1673560 p.Lys41Leu missense_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.27
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.27
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 0.91
clpC1 4040394 p.Gly104Glu missense_variant 0.25
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244184 p.Ser318Arg missense_variant 0.12
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0