Run ID: ERR4132460
Sample name:
Date: 01-04-2023 04:31:10
Number of reads: 839465
Percentage reads mapped: 96.13
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 0.98 | streptomycin |
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764521 | c.1152T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764530 | c.1161C>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764556 | p.Asn396Ile | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764575 | c.1206T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764602 | c.1233C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764605 | c.1236G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764817 | p.Val483Ala | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 766645 | p.Glu1092Asp | missense_variant | 1.0 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 0.95 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 0.92 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472297 | n.453_461delGTCCGGGTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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fabG1 | 1673560 | p.Lys41Leu | missense_variant | 0.12 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |