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Run: ERR4772210

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Run ID: ERR4772210

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:44:56

Number of reads: 1030209

Percentage reads mapped: 88.62

Strain: La1.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.2 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
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gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
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gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8781 p.Arg494Trp missense_variant 0.14
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
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mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.13
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
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gid 4407743 p.Arg154Trp missense_variant 1.0