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Run: ERR4816831
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Run ID: ERR4816831

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Date: 01-04-2023 14:39:18

Number of reads: 1006215

Percentage reads mapped: 74.6

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7103 c.1867delG frameshift_variant 0.17
gyrB 7140 p.Arg634Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.14
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.14
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776166 p.Asn772Ser missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472678 n.833T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474182 n.525C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.543_544insG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475498 n.1841C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475518 n.1861A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475526 n.1869C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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