TB-Profiler result

Run: ERR4819533
Summary

Run ID: ERR4819533

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:09:58

Number of reads: 3205618

Percentage reads mapped: 85.57

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.1
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473718 n.61G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474627 n.970G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475743 n.2086T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476090 n.2434dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1833727 c.186G>C synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101955 p.Gln363Ser missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167701 p.Ala971Gly missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2747615 c.-17C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3878548 c.-41C>G upstream_gene_variant 0.2
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4244681 c.1449A>G synonymous_variant 1.0
embA 4245218 c.1986C>T synonymous_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269031 p.Gly268Asp missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0